奥田修二郎 OKUDA, Shujiro
テニュアトラック准教授
連絡先
- 住所
- 〒951-8510 新潟県新潟市中央区旭町通1-757
新潟大学企画戦略本部若手研究者育成推進室
バイオインフォーマティクス分野（大学院医歯学総合研究科） - TEL
- 025-227-0390
- okd [at] med.niigata-u.ac.jp
※[at]を@に置き換えてください - 関連リンク
- http://bioinfo.med.niigata-u.ac.jp/
研究分野
バイオインフォマティクス
研究内容の紹介
世界で初めて全ゲノムが解読された生物種はインフルエンザ菌で1995年でした。今では数千種を超える生物種でゲノム配列が決定・公開されています。これらの情報を使って生命医科学分野の様々な領域でゲノムワイドな研究が実施されてきています。DNA配列の情報が増えるだけでなく，RNAやタンパク質レベルでもハイスループット処理の技術革新があり，これらすべてのオミクス情報を統合的に解析する方法論の確立が求められています。本研究室では，計算機を駆使したオミクスデータからの知識抽出とその技術開発を行っています。その一つとして，環境中の微生物コミュニティを対象にしたメタゲノムデータの解析を実施しています。とりわけ，腸内細菌由来のメタゲノムデータは，人の健康との関わりを研究する上で非常に新しい材料と言えます。腸内環境を始め，病気と関連のある人と微生物コミュニティとの相互作用の解明を目指しています。
研究キーワード
メタゲノム、腸内細菌、データベース、比較ゲノミクス
所属学会
日本バイオインフォマティクス学会、日本分子生物学会、日本微生物生態学会、JCHM、ISCB
最終学歴
| 期間 | 大学名・学科名など | 卒業，修了，中退別 |
|---|---|---|
| 2003年4月～2006年3月 | 京都大学大学院理学研究科生物科学専攻博士後期課程 | 単位認定退学 |
職歴（又は研究歴）
| 期間 | 所属 | 職名 |
|---|---|---|
| 2007年6月～2008年3月 | 京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター | 博士研究員 |
| 2008年4月～2013年1月 | 立命館大学生命科学部生命情報学科 | 助教 |
| 2010年4月～2010年9月 | ブリュッセル自由大学（ベルギー） | 客員研究員 |
| 2013年2月～現在 | 新潟大学大学院医歯学総合研究科 | テニュア・トラック准教授 |
外部資金
| 年度 | 名称 |
|---|---|
| 2014〜2017（平成26～29）年度 | 科学研究費補助金・若手（A） |
| 2014〜2016（平成26～28）年度 | 科学研究費補助金・基盤（A）（分担） |
| 2014〜2016（平成26～28）年度 | 統合化推進プログラム（分担） |
| 2014（平成26）年度 | 公益財団法人ヤクルト・バイオサイエンス研究財団・特別課題研究 |
| 2012〜2013（平成24～25）年度 | 公益財団法人発酵研究所・一般研究助成 |
| 2009〜2010（平成21～22）年度 | 科学研究費補助金・若手（B） |
| 2008（平成20）年度 | 科学研究費補助金・若手（スタートアップ） |
主要論文リスト
- Yoshizaki, H., and Okuda, S. Elucidation of the evolutionary expansion of phosphorylation signaling networks using comparative phosphomotif analysis. BMC Genomics 15:546 (2014).
- Nakaya, A., Katayama, T., Itoh, M., Hiranuka, K., Kawashima, S., Moriya, Y., Okuda, S., Tanaka, M., Tokimatsu, T., Yamanishi, Y., Yoshizawa, A., C., Kanehisa, M., and Goto, S. KEGG OC: a large-scale automatic construction of taxonomy-based ortholog clusters. Nucleic Acids Res. 41: D353-357 (2013).
- Okuda, S., Tsuchiya, T., Kiriyama, C., Itoh, M., and Morisaki H. Virtual metagenome reconstruction from 16S rRNA gene sequences. Nat. Commun. 3, 1203 (2012).
- Qin, J., Li, Y., Cai, Z., Li, S., Zhu, J., Zhang, F., Liang, S., Zhang, W., Guan, Y., Shen, D., Peng, Y., Zhang, D., Jie, Z., Wu, W., Qin, Y., Li, J., Han, L., Lu, D., Wu, P., Dai, Y., Sun, X., Li, Z., Tang, A., Zhong, S., Li, X., Chen, W., Xu, R., Wang, M., Feng, Q., Gong, M., Yu, J., Zhang, Y., Zhang, M., Hansen, T., Sanchez, G., Raes, J., Falony, G., Okuda, S., Almeida, M., LeChatelier, E., Renault, P., Pons, N., Batto, J. M., Zhang, Z., Chen, H., Yang, R., Zheng, W., Li, S., Yang, H., Wang, J., Ehrlich, S. D., Nielsen, R., Pedersen, O., Kristiansen, K., Wang, J. A metagenome-wide association study of gut microbiota in type 2 diabetes. Nature 490:55-60 (2012).
- Yamada, T., Letunic, I., Okuda, S., Kanehisa, M., and Bork, P. iPath2.0: interactive Pathway Explorer. Nuclec Acids Res. 39, W412-415 (2011).
- Okuda, S. and Yoshizawa, A. C.; ODB: a database for operon organizations, 2011 update. Nucleic Acids Res. 39, D552-555 (2011).
- Okuda, S., Yamada, T., Hamajima, M., Itoh, M., Katayama, T., Goto, S., and Kanehisa, M.; KEGG Atlas mapping for global analysis of metabolic pathways. Nucleic Acids Res. 36, W423-426 (2008).
- Kanehisa, M., Araki, M., Goto, S., Hattori, M., Hirakawa, M., Itoh, M., Katayama, T., Kawashima, S., Okuda, S., Tokimatsu, and T., Yamanishi, Y.; KEGG for Linking Genomes to Life and the Environment. Nucleic Acids Res. 36, D480-D484 (2008).
- Moriya, Y., Itoh, M., Okuda, S., Yoshizawa, A., and Kanehisa, M.; KAAS: an automatic genome annotation and pathway reconstruction server. Nucleic Acids Res. 35, W182-185 (2007).
- Okuda, S., Kawashima, S., Kobayashi, K., Ogasawara, N., Kanehisa, M., and Goto, S.; Characterization of relationships between transcriptional units and operon structures in Bacillus subtilis and Escherichia coli. BMC Genomics 8, 48 (2007).
- Okuda, S., Katayama, T., Kawashima, S., Goto, S., and Kanehisa, M.; ODB: a database of operons accumulating known operons across multiple genomes. Nucleic Acids Res. 34, D358-D362 (2006).
- Okuda, S., Kawashima, S., Goto, S., and Kanehisa, M.; Conservation of gene co-regulation between two prokaryotes: Bacillus subtilis and Escherichia coli. Genome Informatics 16(1), 116-124 (2005).
- Okuda, S., Igarashi R., Kusui, Y., Kasahara, Y., and Morisaki, H.; Electrophoretic mobility of Bacillus subtilis knockout mutants with and without flagella. J. Bacteriol. 185(13), 3711-3717 (2003).
